Nach modernisierenden Renovierungsmaßnahmen in den 70er Jahren des vorigen Jahrhunderts wurde bei der letzten Renovierung in den Jahren 1998-2002 versucht, den ursprünglichen neugotischen Charakter des Gebäudes wieder verstärkt zu betonen. Im Inneren sind der neugotische Flügelaltar, die wertvollen Chorfenster sowie die 1905 erbaute pneumatische Ratzmann-Orgel zu erwähnen.

Der Innenraum des Kirchengebäudes ist 33,10 m lang und 16,50 m breit. Sechs runde aufgemauerte Säulen tragen das gotische Deckengewölbe und gliedern so den Kirchenraum in drei Schiffe. Das Mittelschiff ist 9,50 m breit. Sockel und Kapitelle dieser Säulen bestehen aus Sandstein. Die farbliche Imitation hebt die gotischen Formen und Stilelemente hervor, die vor allem im Maßwerk und in der Glasmalerei der Fenster, im Flügelaltar und im Prospekt der wertvollen Ratzmann-Orgel zum Ausdruck kommen. Auch der festliche Kronleuchter mit dem Ewigen Licht ergänzt zusätzlich die Innenausstattung.

Der 2002 neu errichtete Zelebrationsaltar aus Naturstein wurde aus dem alten, im Jahr 1974 errichteten, erstellt. Im Altartisch sind Reliquien der frühchristlichen Märtyrer des dritten Jahrhunderts Flora und Fabian eingeschlossen. Ihre Gedenktage sind der 29. Juli und der 20. Januar. Der gotische Flügelaltar zeigt in den aus Holz geschnitzten und farbig gefassten Relieftafeln Szenen aus dem Leben Mariens. Im oberen Bild sieht man Maria mit dem Jesuskind, das dem heiligen Dominikus den Rosenkranz überreicht. Engel halten eine Krone über die Rosenkranzmadonna. Die Seitenflügel des Altars zeigen Motive aus der Heilsgeschichte.

Auf der rechten Seite ist das Pfingstereignis dargestellt, Maria mit den Aposteln im Gebet versammelt, und die Aufnahme und Krönung Mariens im Himmel durch die Heilige Dreifaltigkeit. Auf der linken Seite ist die Verkündigung Mariens und das Weihnachtsgeschehen dargestellt.

Die Gemälde auf der Rückseite – welche in der Fastenzeit gezeigt werden – zeigen Szenen aus der Leidensgeschichte Christi. Der Flügelaltar wurde von der Firma Busch Söhne in Groß-Steinheim am Main hergestellt.

Weiterhin erwähnenswert sind die Fenster im Chorraum. Das linke Chorfenster zeigt den heiligen Franz von Assisi, wie er die Wundmale Christi empfängt. Die Glasmalerei des mittleren Chorraumfensters zeigt die Heiligste Dreifaltigkeit. Im Rundfenster darüber erscheint Maria mit dem Jesuskind. Das rechte Fenster im Chorraum zeigt den heiligen Markus mit dem geflügelten Löwen, das Symboltier des Evangelisten Markus.

Nach Erbauung der neugotischen Kirche wurde an den Gelnhäuser Orgelbauer Wilhelm Ratzmann der Auftrag für eine neue Orgel gegeben. Diese wurde 1905 fertiggestellt.
Die Orgelbauerfamilie Ratzmann kam ursprünglich aus Ohrdruf/Thüringen. In den 30er Jahren des 19. Jahrhunderts kam die Familie durch den Bau der Orgeln in der Fuldaer Stadtpfarrkirche und der Bergkirche in Niedergründau in das Gebiet um Gelnhausen.

Spielhilfen: Druckknöpfe: Piano, Mezzo-Forte, Tutti, Auslöser
System: Kegelladen mit pneumatischer Spiel- und Registertraktur

Der damalige Fuldaer Domorganist Ferdinand Rübsam bezeichnete das Instrument in einem Schreiben vom 16. Dezember 1905 als ein „prächtiges Instrument“.
1949 wurden durch die Fuldaer Orgelbaufirma Alban Späth einige Änderungen an der Disposition durchgeführt: Geigenprinzipal 8´ wurde in Prinzipal 4´ und Fugara 4´ in Prinzipal 2´ umgeändert. Der charakteristische Klang des zweiten Manuals ging dadurch verloren. Zudem wurde die Mixtur 2 2/3´ in eine Mixtur 2´ geändert.
1973 wurde durch die Orgelbaufirma Schmitt die Pneumatik durch eine elektrische Traktur ersetzt. Die Disposition der Orgel wurde trotz anderer Pläne nicht geändert.

2002 wurde durch die Orgelbaufirma Weiß aus Zellingen bei Würzburg eine grundlegende Renovierung des Instrumentes durchgeführt:
· Rückführung in die originale Disposition nach Ratzmann
· Neue Prospektpfeifen aus Zinn
· Rekonstruktion des pneumatischen Spieltisches und der pneumatischen Traktur
· Reinigung der Windladen, der Pfeifen und aller weiteren Orgelteile
· Neubelederung der Kegel und Ausbrennen der Kegelbohrungen
· Überarbeiten der Windanlage
· Neuintonation der Orgel
Der pneumatische Spieltisch wurde durch die Firma Eisenschmidt aus Andechs/Obb. gebaut.

Die 1949 durch den Orgelbauer Späth veränderte Fugara 4´ konnte durch originale Pfeifen dieses Registers ersetzt werden: die Evangelische Kirchengemeinde Eiterfeld-Buchenau stellte dankenswerterweise von ihrer abgebauten Ratzmann-Orgel dieses Register zur Verfügung.

Sicherlich bedeutete die Entscheidung für eine derart aufwendige Restaurierung eine erhebliche finanzielle Belastung für eine dörflich strukturierte Kirchengemeinde. Diese Belastung war jedoch nicht zuletzt vor dem Hintergrund gerechtfertigt, dass die Altenmittlauer Orgel eines der letzten größeren Instrumente des Gelnhäuser Orgelbauers Wilhelm Ratzmann mit einem fast vollständig original erhaltenen Pfeifenwerk darstellt.

Nach der erfolgreichen Restaurierung der Orgel kann man sich an dem Instrument überzeugen, wie die pneumatische Traktur und das romantische Klangbild als ein Gesamtes zusammengehören. Als Organist ist man überrascht, mit welcher Präzision die pneumatische Traktur arbeitet.